Programiści, analitycy danych, lekarze oraz naukowcy z obszaru biologii, medycyny i genetyki zmierzą się z wyzwaniami stawianymi przez genetykę podczas bioinformatycznego hackathonu, który między 18 a 20 maja odbędzie się w Łodzi. Rejestracja uczestników potrwa do 4 maja.

Biohack

Biohack, czy hackathon bioinformatyczny to impreza, podczas której na określony krótki czas zbierają się specjaliści z różnych branż i środowisk w celu wytworzenia rozwiązań przedstawionych problemów.

Taka mieszanka umiejętności, osobowości, różnych spojrzeń na problem, koncentracji na zadaniu oraz rywalizacji ma przyśpieszyć wytworzenie rozwiązania – zapowiada Paweł Śpiechowicz, rzecznik Uniwersytetu Łódzkiego, który obok Stowarzyszenie Boost BioTech jest organizatorem wydarzenia.

Wytypowanie antygenów wirusa grypy

Tym razem programiści, graficy komputerowi, analitycy danych oraz naukowcy z obszaru biologii, medycyny, genetyki, a także lekarze zmierzą się z wyzwaniami stawianymi przez genetykę. Przykładem takiego wyzwania może być wytypowanie antygenów wirusa grypy sezonowej do szczepionki.

Eksperci przypominają, że grypa sezonowa jest niezwykle poważnym problemem zdrowotnym zarówno w Polsce jak i na świecie. W szczytowym okresie liczba zachorowań w Polsce sięga nawet 300 tys. tygodniowo. Wirus ten charakteryzuje się dużą zmiennością genetyczną co sprawia, że przygotowanie skutecznej szczepionki jest niezwykle istotne a jednocześnie trudne.

Hackathon

Celem zadania uczestników hackathonu jest opracowanie – w oparciu o dane genetyczne – zestawu antygenów (fragmentów białka rozpoznawalnych przez układ odpornościowy) umożliwiającego stworzenie skutecznej i uniwersalnej szczepionki przeciw grypie.

Jak wyjaśnia mgr inż. Błażej Marciniak z Wydziału Biologii i Ochrony Środowiska UŁ, szczepionkę trzeba znaleźć jak najszybciej, a nie jest to łatwe. Przed przystąpieniem do analiz należy wyszukać i pobrać odpowiednie sekwencje DNA wirusów zdeponowane w różnych światowych repozytoriach lub dostarczonych przez partnerów hackathonu.

„Dużą rolę odegra tu analiza białek, które pełnią rolę osłony wirusa. Sprawdzamy potem czy wybrane białka nie są zbyt podobne do ludzkich białek i czy nie mogłyby stanowić zagrożenia dla zdrowia pacjenta. Na końcu wybiera się najskuteczniejsze antygeny i przeprowadza się ich analizę strukturalną” – wyjaśnił. Według niego, dzięki tak przeprowadzonym analizom można będzie wyprodukować określone antygeny, które po wcześniejszym sprawdzeniu w wielu testach przedklinicznych jak i klinicznych mogą być podane pacjentom w formie szczepionki.

Wytworzone w trakcie imprezy rozwiązania mają w przyszłości służyć opracowaniu lepszych szczepionek, znalezieniu alternatywy dla antybiotyków, bowiem coraz więcej szczepów bakterii staje się na nie opornych. Mogą służyć rozwojowi medycyny spersonalizowanej, wytworzeniu narzędzi przydatnych nie tylko w laboratorium, ale i w kryminalistyce. Zawodami i ich wynikami interesują się firmy związane z farmacją, genetyką, weterynarią, medycyną i przemysłem spożywczym.

Rejestracja uczestników – za pośrednictwem strony http://www.biohack.linuxpl.eu/ – trwa do północy 4 maja. Liczba miejsc jest ograniczona. W przypadku większej ilości zgłoszeń organizatorzy zastrzegają za sobą prawo doboru uczestników.

Bioinformatyka jest dziedziną wiedzy z pogranicza nauk biologicznych i informatyki. Z uwagi na ilość i złożoność danych dostarczanych przez urządzenia badawcze np. dotyczących genomu ludzkiego okazuje się, iż analiza danych staje się praktycznie niewykonalna przez człowieka. W związku z tym do rozwiązania problemów bioinformatycznych postanowiono wykorzystać komputery, a obecnie również sztuczną inteligencję.

Źródło: www.naukawpolsce.pap.pl